Melatonine wordt meestal goed verdragen, maar kan bijwerkingen veroorzaken. Vooral wanneer er hoge doseringen worden ingenomen of wanneer het supplement langdurig wordt gebruikt.
12
Veelvoorkomende bijwerkingen van melatonine zijn slaperigheid overdag, hoofdpijn, duizeligheid en maagklachten.
10 Het gebruik van melatonine kan ook de reactietijd verminderen, wat vooral belangrijk is om in gedachten te houden bij activiteiten zoals autorijden of het bedienen van machines.
Daarnaast kan het combineren van melatonine met andere stoffen, zoals alcohol, de kans op bijwerkingen vergroten. Melatonine en alcohol gaan niet goed samen, omdat alcohol de werking van melatonine kan verstoren en ongewenste effecten kan versterken.11